とある回廊、とある空間。
博麗霊夢は、戦いに敗れて気を失う。
気がつけば、そこは博麗神社。
......何も思い出せない。
そもそも何をしていたのだろう？
気を取り直した霊夢は、友人の霧雨魔理沙と共に
異変解決へと向かう。
......そう、霊夢は幻想郷を救わなくてはいけない。
過去に彼女自身が解決したような、数々の“異変”から。

———霊夢は自身の運命を、何も知らない。